总概括：中统全称是中国国民党中央执行委员会调查统计局，军统全称是国民政府军事委员会调查统计局。中统的创始人和领导者一直是陈果夫、陈立夫兄弟，具体负责的主要是徐恩曾，后来是叶秀峰。军统是戴笠，后来主要就是毛人凤了。中统和军统分别隶属于党务和军队，成为两者出身的鲜明标志。

一、出身不同

1926年5月，国民党中央组织部代理部长陈立夫成立了“党务调查处”，职责局限于党员情况的调查登记，后来老蒋迫于“清党”和派系斗争的压力，调查科增加了“调查党员思想及派系隶属”的职能，成员也由十余人增加了数倍，其工作重心由党务工作转向特务工作。1938年3月，中统在老蒋的授意下成立。

1931年“九一八”事变后，老蒋因抗战不力，饱受舆论指摘。他有感于意大利墨索里尼的独裁打手“黑衫党”，在黄埔军校中挑选了忠心和能力俱佳的贺衷寒、戴笠、郑介民、康泽、桂永清、胡宗南等13人，成立以军人为主体的“复兴社”，内部设有核心组织“力行社”，下辖从事监视、刺杀、绑架等任务的“特务处”，戴笠任处长。1937年“力行社”“特务处”和国民政府军事委员会密查组合并，随后军统正式成立，仍由戴笠任局长。

中统和军统分别隶属于党务和军队，成为两者出身的鲜明标志。

二、组织不同