云南省喀斯特生境占全省面积近44％，在这一特殊生境中很可能演化出大量的半叶趾虎属物种。但云南省喀斯特生境的半叶趾虎属物种几乎都被鉴定为云南半叶趾虎。Ade Prasetyo Agung及其合作者通过整合线粒体片段的系统发育分析和形态特征比较研究，发现被鉴定为云南半叶趾虎的标本中存在多个“隐存种”。其中，发现于文山壮族苗族自治州砚山县和普洱市思茅区及宁洱县的半叶趾虎被确认为2个新种，即：砚山半叶趾虎和思茅半叶趾虎。

此外，进一步分析表明：云南的半叶趾虎属物种是于不同历史时期分别通过4条不同的路线迁入而来，显示出云南的半叶趾虎属物种生物地理历史的复杂性。