不过，科考队出发时，还是发生了一次不愉快，由于车辆装载仪器过多，司机和彭加木产生了异议，两人争吵起来，各不相让，最后在队员们的劝说下才启程。

车队出发后，彭加木又和司机吵了一架，原因是一辆车在后面迟迟没有赶上，前面的司机要等，彭加木认为后面的车辆会追上来，前面只管前行。

就这样，在磕磕绊绊的磨合下，科考队用一个月横穿了罗布泊（比较边缘，并非横穿腹地)，于6月5日到达了终点站米兰农场，大家都非常高兴，还杀了一头羊庆贺。

但是，有一个人却不开心，就是彭加木。

彭加木是一位经验丰富的老科考工作者，对这些新人的表现并不满意，觉得远没有达到自己预期的目的，他知道，国家批准一次野外科考是非常不容易的，如果不取得最好的成绩，很对不起国家。

于是，彭加木就冒出了一个想法：掉回头，再横穿一次罗布泊腹地，这样就等于进行了两次科考！

但是，彭加木的这个想法却得到了大多数队员的反对。

这一个月来，大家风餐露宿，吃不好，睡不好，身心都非常疲惫了，而且科考队的经费、物资都不多，如果再返回去进行二次考察，很可能会撑不下来，因此，大家都很反对。

彭加木没有放弃，又向上级提出了自己的设想，上级被彭加木为国家事业而拼命的精神所感动，就同意了他的请求。

于是，科考队再次启程，向条件最恶劣的东南线路进发。

这次，科考队的运气非常差，他们预计3天到达的中继站库木库杜克，足足走了7天！

当时已经是6月中旬了，新疆腹地是典型的内陆沙漠气候，夏季极端酷热干燥，地面温度高达50多度，简直像行走在火焰山上。

很快，科考队的饮水和汽油都快耗尽了，怎么办？彭加木和大家一起商量。

大家有两种意见，一种是大多数成员的意见，就地发报求援，请求军队派飞机支援饮水和汽油；第二种是彭加木的意见，觉得麻烦部队出动支援花费太大，不如大家克服困难，自己寻找水源。

结果，早就对彭加木心生不满的队员们，否决了彭加木的意见，向附近部队求援，部队也答应派直升飞机运输饮水，要他们原地等待。

到了6月17日下午，当队员去找彭加木时，发现他的帐篷空无一人，只有彭加木留下的一张字条，上面写着：“我往东去找水井，彭。”

大家一看慌了，立即全体出动寻找彭加木，可是捜遍了方圆几里，都没见到彭加木。天黑后，大家断定彭加木已经迷路，就向天空发射信号弹，并打开汽车车灯，想引导彭加木找回道路。

可是一夜过去了，也没有等到彭加木的回来。

科考队意识到了问题的严重性，立即向上级汇报，上级也很重视，派出上千人的部队和十几架飞机进行拉网式搜索，结果也没有发现彭加木的踪迹。

此后一年的时间里，国家一共组织了4次大规模搜索，结果都没能发现彭加木，这位新疆科考第一人，就这样永远消失在了他奋斗20多年的大地上！

彭加木失踪的消息，很快就传遍了全国，大家提出了各种猜测和假说，抛开荒诞无稽的“外星人说”、“穿越说”，倒是有几种猜测很值得一说。