说到携带可以转移到其他物种的病毒，即所谓的“人畜共患”病毒，蝙蝠可能是独一无二的。
研究显示，这些会飞的哺乳动物是60多种可以感染人类的病毒的宿主。
近年来，蝙蝠因其携带病毒的能力而备受关注。他们已经被证明携带一些有害的感染，包括狂犬病和与SARS(严重急性呼吸系统综合症)相关的病毒。
此外，研究表明，蝙蝠可能是埃博拉病毒和尼帕病毒等病毒的原始宿主，这些病毒会导致人类出现致命的脑热。
此外，研究人员比较了蝙蝠和啮齿动物的病毒宿主能力，他们发现啮齿动物携带179种病毒，其中68种是人畜共患的，另一方面，蝙蝠体内有61种人畜共患病毒，总共有137种病毒。虽然啮齿动物携带的人类感染病毒略多，但蝙蝠每物种携带的人畜共患病毒更多。
与啮齿类动物相比，蝙蝠更容易传播病毒，这一点在研究每种病毒的宿主物种数量时尤为明显。平均每个蝙蝠病毒感染4.51个蝙蝠物种，而每个啮齿动物病毒只感染2.76个啮齿动物物种。因为蝙蝠通常与数百万其它蝙蝠生活在非常近的地方。不同蝙蝠物种之间的生理和遗传相似性也可能有助于病毒更容易传播。
此外，某些生活史特征似乎会影响一个蝙蝠物种的病毒数量。科学家们发现，寿命更长、身体质量更大、每年产仔数更多的蝙蝠往往会携带更多的人畜共患病毒。
